Ako katoličku i pravoslavnu crkvu karakterizira stroga vertikala moći s jasnom definicijom dužnosti svećenstva u međusobnom odnosu, onda je u islamu situacija mnogo složenija. Ne postoji jedno poglavlje, kao što je rimski papa u katoličanstvu, odvojene župe su autonomne, tako da se rješavanje kontroverznih pitanja i razvoj zajedničke strategije odvija kroz pregovore i kompromise između pojedinih ruskih muftija. Tijekom sovjetskih vremena, oni su bili ujedinjeni u jednu strukturu, ali su tada centrifugalne sile odjednom uzrokovale formiranje nekoliko žarišta ruskih muslimana, čiji su odnosi daleko od idealnog.
Osobi koja je daleko od razumijevanja crkvenih odnosa čini se da postoji jedan duhovni vođa ruskih muslimana koji se redovito pojavljuje pred objektivima fotoaparata i čestita cijeloj islamskoj zajednici na velikim vjerskim praznicima.
Međutim, šeik Ravil Gainutdin, koji je na čelu Vijeća muftije u Rusiji, zapravo nije apsolutni autoritet među ruskim muslimanima. Organizacija, koju je osnovao 1996. godine, ujedinjuje samo 15% islamskih zajednica u zemlji.
Muftije Rusije djeluju samostalno i ne gledaju natrag na najviše vlasti. Sama SMR osigurava mogućnost da ga odvojene strukture ostavljaju bez posebnih posljedica. Pogrešno je smatrati predsjednika kao neku vrstu analogije patrijarha Kirila i preuveličati njegov utjecaj na predstavnike drugog najvećeg broja vjernika u zemlji.
Vijeće muftije u Rusiji je velika koordinacijska organizacija koja ujedinjuje muslimanske klerike iz različitih dijelova zemlje. Ona okuplja gotovo 1.500 primarnih muslimanskih vjerskih zajednica koje djeluju od Kaliningrada do Vladivostoka. Sheikh Ravil Gainutdin, koji je ujedno i predsjednik muslimanskog vjerskog odbora europskog dijela Rusije, predvodi ovu strukturu.
U epohi formacije, svaki predsjednik odvojene duhovne uprave muslimana, koji se pridružio strukturi organizacije, automatski je postao kopredsjedavajući Vijeća muftije Rusije, ali je danas određen konačan broj visokih dužnosnika u hijerarhiji. Sada su samo četiri supredsjedatelja, oni su muftija Baškortostana, muftija azijskog dijela Rusije, muftija Saratovske regije i muftija Sjeverne Osetije.
IDA objedinjuje uglavnom muftije regija u kojima muslimani nisu dominantna populacija, a jedini izuzetak je Baškortostan.
Obuka svećenika provodi se na islamskim sveučilištima, a nadzire Vijeće muftije Rusije. Najveći od njih smatra se Islamsko sveučilište u Moskvi. Osim toga, tu je i Rusko islamsko sveučilište u Kazanu i Nižnji Novgorodski islamski institut. Srednje obrazovanje u duhovnoj sferi možete dobiti i zahvaljujući specijaliziranim obrazovnim ustanovama u Moskvi, Nižnjem Novgorodu i Saratovu.
U okviru SID-a djeluje javna organizacija pod nazivom Unija muslimanskih žena Rusije, na čelu s Nailom Ziganshina.
Riječ muslimanskih pastira masama vjernika širi se kroz proizvodnju tiskanih publikacija pod nadležnošću CMP-a. To su izdavačke kuće "Medina" i "Islamska knjiga". Na internetu se nalazi radio kanal Miradio.
Donedavno je CID imao priliku žaliti se svom stadu kratkim prijenosom "muslimana", izlazeći na drugi federalni kanal. Međutim, njegov format bio je vrlo specifičan, prvenstveno usmjeren na tatarsko stanovništvo, dotakao se pitanja koja su bila nezanimljiva za većinu ruskih muslimana. "Muslimani" praktično nisu gledali na Sjeverni Kavkaz, gdje je koncentrirana većina islamskog stanovništva Rusije, a muslimani na ruskom jeziku u Zemlje ZND-a. Logičan ishod bio je zatvaranje ne previše uspješnog projekta.
PR menadžeri Vijeća muftije u Rusiji provode prilično agresivnu informativnu politiku na svojim službenim internetskim stranicama iu medijima trećih strana. Rezultat toga je zabluda o pravom okviru moći Ravila Gaynutdina. Čak i čelnici DAESH-a (organizacije zabranjene zakonom na teritoriju Ruske Federacije), koji su Rusiju proglasili neprijateljem broj jedan, smatraju predsjednika RMC-a glavnim muftijom u zemlji.
Međutim, vrhovni muftija Rusije Talgat Tadzhutdin, vođa Središnjeg duhovnog odbora muslimana Rusije, potpuno se ne slaže s nepomirljivim militantima, kao is ideolozima Ravila Gaynutdina. Također, neovisni i utjecajni muftije iz republika Sjevernog Kavkaza su među sumnjivim poštovanjem šejha, među kojima se osobito ističe predstavnik Čečenske republike, gdje su položaji religije posebno jaki.
Raskol je počeo početkom devedesetih godina, kada su regionalne organizacije muslimana u europskom dijelu Rusije, na čelu s Ravilom Gainutinom, objavile povlačenje iz Središnjeg pokreta demokratskih sindikata. Od tada se spor spor sukob između visokih svećenika nastavlja, a pitanje glavnog ruskog muftija ostaje otvoreno.