Snažni san patrijarha Nikona, koji je vodio Rusku pravoslavnu crkvu od 1652. do 1666., bio je ponovna uspostava kompleksa svetih mjesta Palestine u blizini Moskve. Počeo ga je ostvarivati 1656. godine, osnivajući samostan na obalama rijeke Istre, koji je kasnije dobio ime Sveti Uskrsni samostan Novi Jeruzalem. U njegovoj glavnoj katedrali reproducirane su slike, kao da potječu od stranica Evanđelja: Planina Kalvarija i Pećina Svetog groba, koja je postala mjesto ukopa i kasnije uskrsnuće Isusa Krista. Prema planu najsvetijih, pravoslavni su ljudi svojim očima morali promatrati mjesto gdje ih je Spasitelj žrtvovao.
Povjesničari ističu da patrijarh Nikon nije bio prvi koji je došao na ideju prenošenja slike Gospodinova hrama i njegovih svetišta na rusku zemlju. Postoji niz spomenika koji odražavaju utjecaj jeruzalemskog "prototipa". Najzapaženija među njima su Crkve zagovora na jarak i plan, koji je planirao Boris Godunov, koji nikada nije bio izveden da bi se stvorio vjerski kompleks “Sveti sveti” u Moskvi, čiji je prototip služio pravim mjestima Kristovih strasti.
Međutim, ideja je bila utjelovljena u stvaranju samostana uskrsnuća Novi Jeruzalem, koji je postao omiljeno dijete patrijarha Nikona. Unutar svojih zidova, Presveta je provela osam godina nakon što je izašla iz prijestolnice, au kolovozu 1681. umrla je na putu prema njemu, vraćajući se iz egzila gdje je služio u Ćirilu Belozerskom.
Izgradnja samostana započela je 1656. godine, čak i prije nego što je patrijarh Nikon izazvao gnjev suverena Alekseja Mihajlovića. Koristeći kraljevsku naklonost, uspio je nabaviti zemljište za buduću gradnju, koje je prethodno bilo u vlasništvu nad zemljom i koje je predano isključivo nasljedstvom. Nalazili su se 60 versta (oko 64 km) od glavnog grada na obalama rijeke Istre.
Nakon registracije svih dokumenata o vlasništvu zemljišta, odabrano područje prošlo je temeljitu obnovu. Šuma je posječena, a brdo, koje je postalo mjesto budućeg samostana, ispunjeno je i temeljito ojačano. Od sada je postao poznat kao Zion, a druga dva obližnja gorska područja - Favor i Eleon. Čak je i rijeka Istra preimenovana, koju je patrijarh naredio da nazovu Jordan.
Godine 1662. na njegovoj se obali pojavio prvi skeč u kojem su sagrađene dvije male crkve: Bogojavljenje i Petra i Pavla. U isto vrijeme u blizini je osnovan i manji samostan, koji je dobio ne manje zvučno biblijsko ime "Bethany".
Budući da je izgradnja samostana uskrsnuća Novog Jeruzalema bila vrlo opsežna tehnička zadaća, zahtijevala je veliku količinu rada, što je uključivalo i pomoćne radnike i obučene obrtnike. Zbog toga su mnogi manastirski i baštenski seljaci odvezeni na obale Istre iz raznih četvrti moskovske regije. To je izazvalo njihovo ekstremno nezadovoljstvo, jer su, odvojeni od doma, izgubili priliku da se uključe u vlastitu ekonomiju i osudili svoje obitelji na glad.
Kao što se dogodilo u povijesti većine samostana, izgradnja novog uskrsnog samostana započela je pojavom drvenih konstrukcija izrađenih u tradicionalnom stilu ruske arhitekture. Uz sudjelovanje patrijarha Nikona, stvoren je čitav kompleks takvih građevina, u čijem je središtu bila Crkva uskrsnuća.
Na svom posvećenju, održanom u listopadu 1657. godine, nazočio je vladar Aleksej Mihajlovič, koji je prvi put nazvao samostan, podigao 60 versta iz Moskve, Novi Jeruzalem. Svojom je laganom rukom ova fraza zaglavila i, nakon što je dobila službeni status, preživjela je do naših dana. Pod pokroviteljstvom suverena, u kratkom vremenu postao veliki zemljovlasnik. U raznim okruzima Rusije, pa i onima koji su se nalazili na znatnoj udaljenosti, za njega su stečena baštinska imanja, zajedno s dodijeljenim knezovima.
Uskrsnuća katedrala samostana Novi Jeruzalem, koja je sačuvana do danas i glavna je građevina cijelog arhitektonskog kompleksa, osnovana je u rujnu 1658. godine. Fatalnom podudarnošću okolnosti, istodobno je inicijator same gradnje, patrijarh Nikon, upao u carsku sramotu i uklonjen iz glavnog grada. Međutim, pod dopuštenjem monarha, tijekom sljedećih osam godina imao je priliku ostati unutar zidina samostana i osobno nadzirati sve obavljene poslove.
To je trajalo sve do 1666. godine, kada je, odlukom crkvenog suda, osramoćeni patrijarh izbačen iz svećeništva i poslan kao jednostavan monah-chernets u Ferapontov, a potom u samostan Kirilo-Belozerski. Svojim odlaskom, sav posao u još uvijek nedovršenom samostanu uskrsnuća Novom Jeruzalemu zaustavljen je i nastavljen tek nakon smrti vladara i uzašašća na prijestolje njegova nasljednika, mladog cara Fedora Aleksejeviča.
Kao što je već spomenuto, 1681. godine, vraćajući se iz progonstva i krećući prema Istri, 76-godišnji Nikon - bivši patrijarh, i tada običan monah-rožnjak - razbolio se i umro u blizini Yaroslavla. Međutim, njegovo je tijelo isporučeno u samostan i, prema volji, pokopano je u južnoj kapeli hrama.
Nakon Nikonove smrti nastavljena je izgradnja crkve uskrsnuća u Novom Jeruzalemu, au siječnju 1685. održana je svečana posvećenja. U to vrijeme, uzde ruske države bile su u rukama princeze Sofije. Posjetivši samostan kao počasni gost, osobno je naznačila mjesto za izgradnju još jednog svetišta - Crkve rođenja, sagrađene 1692. godine.
Godine Petra Velikog bile su teško razdoblje u životu većine ruskih samostana. Nevolje u Novom Jeruzalemu nisu bile pošteđene. Smanjen je broj braće, a vrlo su rijetka sredstva za njegovo održavanje, dok je većina vlastitih prihoda otišla u riznicu. Osim toga, Božji narod je morao opskrbljivati vojsku konjima i stočnom hranom, a po potrebi i regrute.
Nešto slobodniji, redovnici su uzdahnuli kad se carica Elizaveta Petrovna uspela na rusko prijestolje. S obzirom na to da je, uzimajući samostan pod njezinom zaštitom, carica joj je dodijelila 30 tisuća rubalja - ogromnu svotu za ta vremena - uspjela je popraviti građevine koje su počele propadati i obnoviti krov rotunde koja se srušila 1723. godine. Postoji mišljenje da je u razdoblju tih djela djelomično promijenjen stil katedrale za uskrsnuće u Novom Jeruzalemu, na što su graditelji izdali značajke moskovskog baroka koji je tada bio moderan. Kao karakteristično obilježje tog vremena može se podsjetiti i na smanjenje poreza plaćenih državi, što je omogućilo značajno poboljšanje prehrane stanovnika.
Međutim, zemaljsko blagostanje redovnika pokazalo se kratkotrajnim, a dolaskom na vlast carice Katarine II. Ponovno je zamijenjeno razdobljem nedaća. Počeli su slavnim Manifestom od 26. veljače (8. ožujka) 1764., prema kojem je većina monaških zemalja bila podložna sekularizaciji, odnosno zapljeni u korist države. Počelo je razdoblje materijalnog pada većine ruskih samostana.
Iz povijesti uskrsnuća manastira Novog Jeruzalema poznato je da je početkom 60-ih godina XVIII. Stoljeća posjedovao 22 tisuće desetina zemlje, na kojima je živjelo oko 14 tisuća seljaka. No, nakon stupanja na snagu Manifesta, odabrano je sve to bogatstvo, a samo 30 hektara obradive zemlje i dva imanja u Moskvi ostala su u posjedu monaha. U ovom teškom razdoblju za njih, glavne stavke prihoda su novčani primici od hodočasnika i privatnih donacija. Što se tiče sredstava koje je država dobila, njihov je obujam iznosio najviše 30% bivših subvencija.
Tijekom XIX stoljeća, uskrsnuće Novog Jeruzalema (Istra) bilo je jedno od najposjećenijih središta ruskog hodočašća. Protok hodočasnika postao je osobito intenzivan nakon što je 1870. izgrađena grana željezničke pruge Moskva-Rybinsk koja je prolazila pokraj nje. Povećani novčani tok omogućio je redovnicima da provedu niz građevinskih radova. Tako je izgrađen kameni hotel za bogate hodočasnike i hospicijsku kuću u kojoj su ostali siromašni. Osim toga, otvorena je besplatna škola za djecu iz obitelji s niskim primanjima, gdje su dobili osnovno obrazovanje.
Sačuvani podaci prema kojima je u drugoj polovici XIX stoljeća samostan godišnje ugostio do 35 tisuća ljudi. Ta visoka popularnost može se objasniti, prvo, jedinstvenom prigodom da se vidi obnovljena sličnost svetih evanđeoskih nalazišta, a drugo, činjenicom da se udaljenost do Novog Jeruzalema, uskrsnuća, koja je bila oko 64 km od Moskve, lako mogla svladati željeznicom.
Ista slika materijalnog blagostanja i neprekidnog duhovnog života promatrana je u samostanu i početkom 20. stoljeća. Samo je završio dolaskom na vlast boljševika. Već 1919. godine, po nalogu Vijeća narodnih komesara, samostan je zatvoren, a njegovi prostori služili su za stvaranje dvaju muzeja, od kojih je jedan bio posvećen povijesti regije, a drugi je imao čisto umjetnički smjer. S vremenom su se ta dva centra kulture ujedinila i Državni muzej umjetnosti i povijesti preživio je do danas. Za njega nije bilo nedostatka eksponata.
Posjetitelji su mogli vidjeti bogatu zbirku crkvenih posuđa koje su "samostani života" preuzeli iz samostanskih crkava, crkvenih rukotvorina, kao i iz ranije postojećeg spomen-muzeja posvećenog sjećanju onog koji je osnovao samostan uskrsnuća u Novom Jeruzalemu. Osim toga, značajno mjesto u izložbi bilo je posvećeno umjetničkim djelima iz bogatog plemićkog i trgovačkog posjeda moskovske provincije.
Nažalost, neki od eksponata nisu sačuvani do danas, jer je za vrijeme Velikog Domovinskog rata područje nekadašnjeg samostana bilo u okupacionoj zoni, a nacisti su, razorivši katedralu uskrsnuća, uništili mnoge povijesne spomenike pohranjene u njoj. Poznato je da su materijali koji svjedoče o ovom barbarstvu najavljeni tijekom Nürnberški proces.
U prvim poslijeratnim godinama, kada je cijela zemlja ozdravila rane proteklih godina, započela je planirana obnova uništenog muzejskog kompleksa u gradu Istri, ali je obim posla bio toliko velik da su dovršeni tek 1959. godine. U to vrijeme nije bilo moguće oživjeti samo glavnu arhitektonsku dominantu, koja je nekad bila poznata po samostanu uskrsnuća Novog Jeruzalema - višeslojnom zvoniku XVII. Stoljeća.
Oživljavanje samostana u njegovoj izvornoj svrsi započelo je 1993. s činjenicom da je patrijarh Alexy II ovlastio svog predstavnika, arhimandrita Nikitu (Latushko), da pregovara s vodstvom Istrinskoga okruga u Moskvi i upravom muzeja o prijenosu ranijeg samostana u crkvu njezine zgrade. Trenutak za to bio je odabran vrlo dobro, jer se nakon perestrojke u cijeloj zemlji odvijao pokret za povrat nezakonito oduzete imovine.
Pregovori i izvršenje relevantnih dokumenata nisu oduzeli mnogo vremena, a već sljedeće godine duhovni život unutar zidina drevnog samostana počeo se obnavljati. Od prvih dana obnovljeni samostan je dobio status stavropegijalnog, odnosno neovisnog od biskupijskih vlasti i podređen izravno patrijarhu. U srpnju iste godine održan je sastanak Svetog sinoda na kojem je odlučeno imenovati arhimandrita Nikitu, koji je toliko učinio za povratak svoga svetišta narodu, kao šefa uskrsnog samostana Novi Jeruzalem.
Trenutno u gradu Istri u Moskvi, uz obnovljeni samostan, postoji Muzej povijesti i umjetnosti. U njegovoj zbirci nalazi se gotovo 180 tisuća eksponata za koje je izgrađena pogodna moderna zgrada. Tako se drevni ruski grad Istra s pravom može nazvati središtem vjerskog i kulturnog i obrazovnog života.